O momento de emissão da nota fiscal relacionada aos serviços prestados por agências e operadoras de turismo, ainda gera dúvidas para o consumidor. Na maioria das vezes, essas dúvidas ocorrem em função do não conhecimento sobre o sistema de incidência e recolhimento dos impostos nas agências.

Muitos consumidores não compreendem o porquê de não receberem notas fiscais sobre os valores de pacotes adquiridos junto às agências de turismo. Essa falta de nota existe em função de as agências de viagem somente intermediarem a compra de um serviço e não comercializá-lo diretamente. Sendo assim, a agência não tem a obrigação de emitir a nota fiscal, uma vez que não houve recolhimento de imposto.

Como a nota fiscal é emitida a partir da prestação de um serviço, a agência que apenas comercializa o pacote deve emitir a nota fiscal apenas sobre o valor da comissão a ser recebida pela venda do serviço. É nesse momento em que as confusões começam, pois o consumidor recebe uma nota referente apenas à comissão percebida pela agência e não ao valor total pago pelo serviço.

Para obter uma nota fiscal em que apareçam todos os serviços contratados, o consumidor pode solicitar à agência uma nota sem valor fiscal (já que os serviços ainda não ocorreram e o imposto será pago pela prestadora de serviço e não pela intermediação).

É a chamada Nota Fiscal Série F1, cuja função é somente atender aos pedidos dos consumidores que não abrem mão da nota fiscal. O correto é a emissão de um recibo para o consumidor.

Já nos casos onde a agência preste diretamente serviços como organização, execução de programas de turismo, passeios, viagens e excursões, haverá o recolhimento do ISS, uma vez que a agência é a própria prestadora de serviços e não há nenhum tipo de intermediação.